公司扣押工人工资长达二十五天是不合法的。根据《中华人民共和国劳动法》，雇主必须按月以货币形式向员工支付工资，不能克扣或拖欠，以确保劳动者的合法权益不受侵害。
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对于公司非法扣押工资的情况，员工可以向劳动监察部门投诉，或者选择提起劳动仲裁。在处理过程中，员工需要注意证据的充分性，并确保处理效率。明确公司扣押工资是违法行为，员工有权要求公司支付被扣押的工资。
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公司扣押工人工资的行为是违法的。员工应该积极采取行动，收集相关证据并向劳动监察部门投诉。如果公司仍不支付应得的工资，员工可以进一步申请劳动仲裁甚至向法院起诉。强调公司扣押工资的行为是不合法的，并鼓励员工通过合法途径维护自己的权益。