房屋征收补偿协议无效的情形包括：签订方身份无效、签订手段违法、内容违反法律强制性规定。依据《合同法》等相关法律，若与无民事行为能力人签订或采用欺诈、胁迫等手段，或协议内容不合法，均会导致协议无效。不及时处理可能导致征收进程受阻、法律责任纠纷等后果。
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房屋征收补偿协议无效时，可重新协商或诉讼。重新协商需双方达成一致，修改违法部分后重新签署；诉讼则需收集证据，向法院起诉确认协议无效，并根据法院判决采取相应措施。
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处理房屋征收补偿协议无效常见方式有：重新协商、诉讼解决。选择时应考虑协议无效原因、双方意愿及效率等因素。若因误解或轻微违法可重新协商；若存在严重违法或欺诈行为，则建议通过诉讼维护权益。